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国が基地建設に向けた事前調査の一環として、国の天然記念物ジュゴンの藻場に目印用のくぎなどを打ち込んでいた問題で、防衛局はあらためて調査に問題はないとの認識を示しました。
この問題はジュゴンがエサを食べたと見られる藻場の数箇所に、目印用のロープやそれを固定する為の釘などが打ち込まれていたものです。
調査目的の説明や調査の中止を求めた「北限のジュゴンを守る会」のメンバーに対し、防衛局の担当者は調査はジュゴンが藻場を訪れる頻度や、ジュゴンが食べたあとの藻場の生育具合を調べる為、2007年の夏から向こう１年間実施することなどを説明。そして、目印については定期的にチェックするなど十分環境に配慮しているが、今後よりよい方法があれば変えていくと回答しました。
これに対して「ジュゴンを守る会」はジュゴンがくぎを誤飲する可能性を指摘。あらためて調査の即時中止を求めました。