３月１６日午前、名護市辺野古沖で、船２隻が転覆し、県外から平和学習に参加していた高校生ら２１人が海に投げ出されました。
そのうち男女２人が心肺停止の状態で搬送され、その後、死亡が確認されました。第十一管区海上保安本部などによりますと、３月１６日午前１０時ごろ、名護市辺野古沖で「平和丸と不屈が転覆した」と通報がありました。
転覆した２隻には、同志社国際高校の生徒１８人と乗組員３人のあわせて２１人が乗っていて、全員が海に投げ出されたということです。
転落した全員は、およそ１時間後には海から引き上げられましたが、同志社国際高校の２年生（１７）と船長の男性（７１）が心肺停止の状態で病院に搬送され、その後、死亡が確認されました。
また、高校生の男女２人が病院に搬送されていますが命に別状はないということです。
周辺住民などによりますとこの船２隻は、３月１６日午前９時ごろに出港し、平和学習のため辺野古の新基地建設現場を視察していたということですが、海保によると、午前１０時１０分ごろ一隻が転覆し、２分後に、二隻目が転覆しました。
辺野古住民は「かなり（潮の）流れが変わっているのは確かですよ、だからいま高波がきたら辺野古の集落まで海水が入ってきますのでね、船長とか海のほうは朝ミーティングして確実にやっているんですよ、そういうことはやるんだけど、海の怖さっていうのはこういうところ」と話しました。
転覆した２隻は、海上保安庁の船でえい航され、３月１６日午後１半時ごろに辺野古漁港に戻りました。
本村杏珠記者は「午後２時ごろの辺野古漁港です、現在、こちらでは平和丸と不屈をロープで港に固定する作業を行っています」と伝えました。
その後、転覆した船を引き上げる作業が行われました。
事故の一報を受けて、京都にある学校周辺では、多くの報道陣の姿が見られました。
今回の発生を受けて玉城知事は、報道陣の取材に応じ「事故が起こったこと、そのものについては、不測の事態、天候ですとか波の状況ですとか、いろんな状況があって、おそらく予測を超えてしまったのではないかというように大変胸が痛い思いです」と述べました。
当時、沖縄本島では波浪注意報が発表されていて、第十一管区海上保安本部は、業務上過失往来危険、業務上過失致死傷を視野に捜査をする方針です。
関係者の話しによりますと、生徒らは、３月１４日から修学旅行で沖縄を訪れていて、３月１７日京都に戻る予定でした。旅行中は、それぞれの班に分かれて、沖縄の文化や平和学習を学んでいました。